一、對作品原文的校勘
（一）以文學古籍刊行社聊齋志異（簡稱手稿本）爲首選底本。其中缺佚篇章、殘損文字，以山東省博物館藏康熙年間抄本（簡稱康熙本）作底本。上二本並佚者，以山東省圖書館藏第七四四九號青柯亭本（簡稱青本）作底本。上三本缺佚者，以異史（稱異史本）作底本。
（二）除手稿本外，其他底本均兼作參校本。參校本還有分全書爲二十四卷的抄本（簡稱二十四卷本）、黄炎熙選抄本（簡稱黄本）、段𱯑刻聊齋志異遺稿（簡稱遺稿本）、鈐有趙執信印章的抄本（簡稱趙抄本）、鑄雪齋抄本（簡稱鑄本）、但明倫聊齋志異新評（簡稱但本）、部分得月簃叢書本聊齋志異拾遺中篇章，也用于參校，簡稱「拾遺本」。青本初刻後，有補刻、挖改、翻刻、重刻、石印、鉛印等版本，文字大同小異，形成系統，本書就其全體稱爲「青系」。爲略示其中文字衍變，也偶爾用山東省圖書館藏九二三九號青本和同文書局詳註聊齋志異圖咏（簡稱圖本）參校個别詞語。有時涉及青系其他版本，這類情況在校記中說明，不算作參校本。
（三）對待底本：手稿本文字，可通者一般不改。對其他底本，視其與手稿本的接近程度，斟酌其與參校本的異文，改正衍奪訛舛，擇善而從。個别文字，諸本皆誤，徑改。
（四）對待參校本：各版本源流不一，其文字與手稿本遠近各異，校勘中據其不同特點不同對待。
（五）對文字完整的篇章，全部會校。對各版本間異文，以校記出示，並對抄本與底本間異文中部分同義詞略加辨析。文字與底本全同的參校本，一般不入校記。
二、對刻本中註釋的整理
（一）收吕湛恩註（簡稱吕註）及其補註（簡稱吕註補）、何垠註（簡稱何註）。兩家註釋，所立條目多寡不一，互有異同；引書、引文，每見重複。釋義也多近似，據此，本書將兩家註略加調整，會同註釋。
（二）在一家註中，如果條目重出，註文全同者保留其一，釋義有異，酌情合並。兩家註文，全同時保留一家；有簡繁之别，多擇取繁者；各具特點，照録並存；部分重複，加以剪裁。
（三）註中引文，多係摘抄，不予校補。引書書名、詞語釋義中訛誤，明顯易辨者加按語説明，爲避免閲讀中字音障礙，對部分文字註音也加按語。按語上標「△」號，原註按語加「○」號，以示區別。
（四）原註本篇次與本書不同。應註者，依篇次順序先見者先註，故部分註文摘離原處，結合文義，改入新篇。
三、對評語的匯集和安排
（一）所收評語，來自清代。主要有王士禛評（簡稱王評）、馮鎮巒評（簡稱馮評）、但明倫評（簡稱但評）、何守奇評（簡稱何評）、王芑孫評、方舒巖評（簡稱方評）、手稿本中某甲和某乙評。還有聊齋志異摘抄（簡稱摘抄本）中王金範評、遺稿本和鑄本中一些評語。
（二）評語原分總評、眉批、夾批。本書將絶大部分眉批、夾批，結合文義分别置於正文之下。部分眉批論及全文，實屬總評，置於篇後。
（三）王士禛評問世最早，有的就其評論寫評，位於其評之下，本書保留其原貌。
四、關於本書編次
根據可靠記載，作者分本書爲八卷。細察諸版本，故跡猶存，據以恢復。篇次主要依據手稿本、康熙本、鑄本，略有調整。
五、關於附録
手稿本有作者刪除篇章；得月簃叢書本聊齋志異拾遺中有幾則短文尚難確定作者；諸抄刻本中多有序跋、題辭。概附書末，以便參考研究。